Poste à pourvoir – Ingénieur.e en développement de services en environnement virtuel pour le traitement de données scientifiques (Virtual Research Environment)

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France.

Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

INRAE recrute un.e Ingénieur.e en développement de services d’environnement virtuel de recherche pour l’étude des agro-écosystèmes.

Thèmes : service numérique, virtualisation, plateforme collaborative, infrastructure de recherche, interopérabilité, reproductibilité

Contexte général

Le projet GAIA Data (https://www.gaia-data.org/) développe une infrastructure distribuée de données et services pour l’observation et la modélisation du ‘Système Terre’, de la biodiversité et de l’Environnement. La mise en place d’environnements virtuels de recherche (VRE) offrant des services d’accès, de découverte et de traitement des données en constitue une des actions phares. Le présent poste porte sur la mise en place d’un VRE (Galaxy et Jupiter notebook) dédié aux données de l’agro-environnement produites principalement :

–              dans le cadre du projet ALAMOD (PEPR FairCarboN, https://www.pepr-faircarbon.fr/projets/projets-cibles/alamod), de l’infrastructure AnaEE-France (https://www.anaee-france.fr/). La mise en place de ce VRE (Galaxy) sera prioritaire.

–              et par l’infrastructure de recherche PHENOME (https://www.phenome-emphasis.fr/). La mise en place de ce VRE (Jupiter notebook) sera moins prioritaire.

La personne recrutée rejoindra l’équipe technique du centre de données et de services (INRAE/IRD) qui est basé à la maison de la télédétection à Montpellier et qui comprend en particulier un autre agent chargé de missions similaires pour les données produites pour l’étude des surfaces continentales. L’agent interagira – à distance et/ou en présentiel – avec les unités de recherche susmentionnées à l’origine de l’expression des besoins (Avignon, Montpellier site de SupAgro, Dijon, Angers…).

En particulier, la personne recrutée sera amenée à travailler avec l’équipe ‘systèmes d’information’ qui est basée à Avignon (URFM-INRAE PACA) et qui développe des services numériques transversaux pour la gestion et la valorisation des données d’infrastructures de recherche et de projets nationaux. Dans le cadre des activités VRE de GAIA Data, elle aura en charge le développement et la mise place de ces services pour la communauté agro-environnement (THEIA-PNDB).

Vous serez plus particulièrement en charge de contribuer à la mise en place d’un VRE dédié aux recherches sur les écosystèmes en agro-environnement au sein d’une action VRE plus générique menée dans le projet GAIA Data.

Les premières données bénéficiant de cet environnement concerneront en priorité l’étude de la dynamique du carbone dans les écosystèmes continentaux.

En collaboration avec l’équipe encadrante et les partenaires de GAIA Data, vos activités réalisées porteront sur :

– les interactions avec les partenaires du projet, principalement en visioconférence

– l’identification des services numériques VRE attendus par la communauté scientifique

– l’évaluation des différentes solutions techniques VRE

– la sélection et la configuration pour la communauté agro-environnement d’une infrastructure VRE

– le développement de services additionnels à offrir par le VRE (connexion aux entrepôts, script de traitement des données…)

– l’accompagnement des utilisateurs à la prise en main des fonctionnalités. La rédaction de supports pédagogiques.

 Durée du contrat : 12 Mois (perpectives de poursuite à discuter)

Modalités pour postuler : Transmettre une lettre de motivation et un CV en précisant l’objet du mail «VRE»

Les candidats retenus seront auditionnés en décembre (entretien d’une heure maximum en visio ou présentiel). Ils recevront un mail d’invitation à l’entretien 1 semaine à l’avance.  Les candidats non convoqués au-delà de cette période pourront considérer leur candidature infructueuse.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée: Master/Ingénieur (Bac+5) École d’ingénieur ou Master avec spécialisation en développement logiciel et déploiement d’applications.

Compétences :

• Maîtrise de concepts et pratiques en matière d’infrastructures virtuelles (Galaxy, JupiterHub…) et connaissance d’outils d’intégration type « Planemo »
• Connaissances en Linux et en langages de programmation (Bash, Python, R…)
• Connaissance souhaitée de tout ou partie des librairies suivantes : PyTorch, TensorFlow, Opencv, Panda, NumPy…
• Connaissance souhaitée en machine learning
• Pratique des outil-logiciels de développement informatique et déploiement d’application. Compétence DevOps (Gitlab CI/CD, Docker…)
• Connaissances additionnelles appréciées en :
  • pratiques FAIR ;
  • agroenvironnement (connaissance générales), ou une appétence pour les grandes questions environnementales..

Aptitudes recherchées :

• Très bonne aptitude à travailler en équipe et à animer un collectif
• Adaptabilité